竹内文書の中で最も詳細かつ独自性が高い内容の一つが、「ウガヤフキアエズ(鵜葺草葺不合)朝」に関する記述である。記紀では神武天皇の父とされる鵜葺草葺不合命は一代限りの神として扱われるが、竹内文書ではこの「ウガヤフキアエズ」を号(称号)とする王統が七十二代にわたって続いたとされる。
各代の在位期間は数千年から数万年とされ、王朝全体の存続期間は数百万年規模に及ぶという。この間、日本列島はその「神聖な中心性」を保ちながら全地球の政治的・霊的頂点として機能し、各大陸に派遣された「分家の王たち」が地域文明を育てていったとされる。
七十二代の各代について、竹内文書は名前・在位期間・主な業績を記録しているとされるが、その内容のほとんどは竹内巨麿の解説に依拠しており、原文の独立した検証が困難な状況にある。この七十二代王朝の系譜は、現代の超古代史・ムー文明論において「失われた人類の黄金時代の証拠」として引用されることが多い。